Une installation classée, qu’elle soit autorisée, enregistrée ou déclarée, peut faire l’objet de contrôles dont le but est de vérifier la conformité réglementaire de l’installation afin de protéger les intérêts protégés visés à l’article L 511-1 du code de l’environnement.
La responsabilité de la conformité des installations relève de l'exploitant titulaire de l'arrêté préfectoral. Les inspecteurs des installations classées en DREAL et DDPP réalisent des contrôles par sondage . Dans le cadre de leur habilitation et commissionnement, ils recherchent et constatent les infractions dans leur domaine d'attributions.
Lorsque cela est nécessaire, un laboratoire agréé peut être missionné par l’inspection des installations classées pour réaliser des prélèvements et des analyses en un ou plusieurs points précis de l’installation. Ces analyses sont réalisées aux frais de l’exploitant.
Lorsque cela s'avère nécessaire au vu des impacts sur l'environnement, l’arrêté d’autorisation d’une installation peut prescrire une autosurveillance, consistant en une vérification permanente ou périodique par l’exploitant de ses rejets ou émissions. Les résultats, accompagnés de commentaires portant sur leur conformité aux valeurs limites applicables à l’installation, doivent être transmis à l’inspection des installations classées.
Un contrôle périodique par des organismes agréés s’applique aux installations soumises à déclaration avec contrôle périodique (régime DC). Ces contrôles sont effectués à l'initiative et aux frais de l'exploitant. Sauf cas particulier, le premier contrôle de l'installation doit avoir lieu dans les six mois qui suivent sa mise en service et la périodicité de contrôle est de 5 ans maximum.
Par ailleurs pour les installations soumises à autorisation les arrêtés ministériels ou préfectoraux peuvent prévoir que certains points techniques, dans le cadre d’une réglementation spécifique, font l’objet d’un contrôle périodique, par exemple l’état des installations électriques dans certains établissements.