Au-delà des modifications de la nomenclature des ICPE qui peuvent avoir des conséquences sur le classement des installations, les installations peuvent également faire l'objet de modifications souhaitées par l'exploitant (augmentation de capacité, changement de la nature des substances ou des procédés utilisés, extension géographique, etc.).

Dans ce cas, l'exploitant doit déclarer au préfet toute modification apportée à l'installation, à son mode d'utilisation ou à son voisinage susceptible d'entraîner un changement notable des éléments du dossier d'autorisation. En application de ce même dispositif réglementaire, le préfet doit établir si la modification est substantielle, c'est-à-dire si une nouvelle procédure d'autorisation s'avère nécessaire.

La doctrine administrative applicable en matière d’instruction des dossiers de modifications des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) présentées par les exploitants a été actualisée par une note DGPR du 21 décembre 2021, afin de tenir compte des réformes suivantes :
Image retirée.  réforme de l’évaluation environnementale introduite par l’ordonnance n° 2016-1058 du 3 août 2016 relative à la modification des règles applicables à l’évaluation environnementale des projets, plans et programmes ;
Image retirée.  création de la procédure d’autorisation environnementale (ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 et textes subséquents) ;
Image retirée.  la loi n° 2020-1525 du 7 décembre 2020 d’accélération et de simplification de l’action publique (dite « loi ASAP ») et le décret n° 2021-1000 du 30 juillet 2021 portant diverses dispositions d’application de la loi d’accélération et de simplification de l’action publique et de simplification en matière d’environnement dit « décret ASAP »).

Cette doctrine avait été précédemment portée par la circulaire du 14 mai 2012 sur l’appréciation des modifications substantielles au titre de l’article R. 512-33 du code de l’environnement et la circulaire du 11 mai 2010 relative au guide d’appréciation des changements notables en installations classées d’élevage soumises au régime de l’autorisation. Ces circulaires sont désormais abrogées.

Note du 20 décembre 2021 relative à l'instruction des modifications des ICPE : https://www.ecologie.gouv.fr/sites/aida/files/note_modifs_20211220.pdf