Instruction du Gouvernement du 15/07/16 relative au processus de désignation des sites Natura 2000 complémentaires au-delà de la mer territoriale

(BO du MEEM n° 2016/14 du 10 août 2016)

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NOR : DEVL1607809J

La ministre de l’environnement, de l’énergie et de la mer, chargée des relations internationales sur le climat,

Le ministre de la défense,

La secrétaire d'Etat chargée de la biodiversité

à

Pour exécution :

Préfets maritimes

Pour information :

Secrétariat général du Gouvernement

Secrétariat général de la mer (SGMer)

Ministère des affaires étrangères et du développement international (MAEDI)

Secrétariat général des ministères de l’environnement, de l’énergie et de la mer et du logement et de l’habitat durable

Direction des pêches maritimes et de l’aquaculture (DPMA) du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer

Direction générale des infrastructures, des transports et de la mer (DGITM) du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer

Direction générale de l’énergie et du climat (DGEC) du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer

Direction générale de l’aménagement, du logement et de la nature (DGALN) du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer

Commandants de zone maritime

Préfets de régions littorales

Directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) littorales

Directions interrégionales de la mer (DIRM)

Préfets de département littoraux

Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM)

Agence des aires marines protégées (AAMP)

Muséum national d’histoire naturelle (MNHN)

Résumé : Cette instruction précise les modalités administratives et techniques de constitution de nouvelles propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale, en application des directives 92/43 CEE « Habitats-faune-flore » et 2009/147/CE « Oiseaux ».

 

Catégorie : Mesure d’organisation des services		Domaine : Energie, Environnement
Type : Instruction du gouvernement                      et /ou                              Instruction aux services déconcentrés
Mots clés liste fermée : Energie, Environnement		Mots clés libres : Natura 2000
Texte (s) de référence : - Directive 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil du 30 novembre 2009 concernant la conservation des oiseaux sauvages ; - Directive 92/43 CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages ; - Articles L 414-1 et suivants, R 414-1 et suivants du code de l’environnement ; - Arrêtés du 16 novembre 2001 modifiés le 13 juillet 2005 et le 19 avril 2007 fixant la liste des habitats naturels et des espèces pouvant justifier la désignation de sites Natura 2000 en France, au titre de l’article L.414-1, I et II, premier alinéa ; - Feuille de route du 28 octobre 2013 relative à la désignation des sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale.
Circulaire(s) abrogée(s) : non
Date de mise en application : Immédiate
Pièce(s) annexe(s) : 4 annexes Annexe A : Rôles des préfectures maritimes, des différents services de l’Etat et des établissements publics dans le processus de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale Annexe B : Lignes directrices en vue de la délimitation des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale Annexe C : Procédures de consultation réglementaire et d’information sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale Annexe D : Procédure de transmission des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale au ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer, au ministère de la Défense et au Muséum national d’histoire naturelle
N° d’homologation Cerfa : non
Publication	B.O.	Site Circulaires.gouv.fr	Non publiée

I) Contexte, objectifs, et calendrier du processus de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

A ce jour, le réseau de sites Natura 2000 est constitué de 209 (1) sites comportant une partie maritime (151 sites mixtes et 58 sites entièrement marins) et couvre plus de 41 461 km² de surface marine.

Conformément à l’évaluation de la suffisance de ce réseau de sites Natura 2000 en mer par la Commission européenne dans le cadre de séminaires biogéographiques en 2009 et 2010, il est nécessaire de compléter ce réseau en proposant de nouveaux sites à la Commission européenne (CE) pour l’habitat « récifs », le grand dauphin, le marsouin commun et les oiseaux marins (2) au-delà de la mer territoriale au second semestre 2016.

Conformément à la jurisprudence communautaire, le réseau Natura 2000 en mer doit en effet couvrir aussi bien la mer territoriale que la zone économique exclusive (ZEE) et le plateau continental (arrêt de la CJUE C-6/04 du 20 octobre 2005).

Ainsi, suite à la feuille de route qui vous a été adressée le 28 octobre 2013, la présente instruction définit les modalités de constitution des propositions de sites Natura 2000 nécessaires pour tendre vers un réseau cohérent et représentatif de sites Natura 2000 pour les habitats naturels marins et les espèces marines d’intérêt communautaire présents en France, et que vous mettrez en oeuvre.

En 2014 et en 2015, l’association des acteurs conduite à la fois aux niveaux national, international et à l’échelle des façades maritimes, a permis d’expliquer la démarche aux partenaires, de présenter les grands secteurs d’intérêt écologique identifiés par le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) sur la base de critères scientifiques et de cartographier les activités en présence au niveau de ces grands secteurs susceptibles d’impacter les habitats et espèces d’intérêt communautaire.

Il s’agit à présent pour vous, de délimiter des périmètres de sites Natura 2000. En application de l’article R. 414-3 du code de l’environnement, vous êtes chargés d’établir les propositions de sites Natura 2000 (propositions de zones de protection spéciales et propositions de sites d’importance communautaire). A cette fin, vous vous appuierez sur les directions interrégionales de la mer (DIRM) et les directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) concernées, en fonction de leur champ de compétences, ainsi que sur l’Agence des aires marines protégées (AAMP) et sur le MNHN. Vous trouverez, en annexe A, des précisions sur le rôle des différents services de l’État et des établissements publics dans ce processus de désignation de propositions de sites Natura 2000.

Cette phase d’identification de propositions de nouveaux sites Natura 2000 s’inscrit dans l’objectif de compléter le réseau Natura 2000 en mer, afin d’assurer au niveau des futurs sites, à travers des mesures de conservation adaptées, la conservation ou le rétablissement, dans un état favorable à leur maintien à long terme, des habitats naturels et des populations d’espèces d’intérêt communautaire justifiant la désignation des sites Natura 2000.

(1) Données issues des FSD pour le nombre de sites et du SIG pour les superficies (base Natura 2000, envoi de septembre 2015).
(2) Cf. la liste indicative française des oiseaux marins susceptibles de justifier la création de zones de protection spéciales. Rapport MNHN-SPN 2007/5

II) Présentation des différentes étapes du processus de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

A. Délimitation des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

Le MNHN, en liaison avec son réseau d’experts et sur la base des données recueillies principalement dans le cadre de récents programmes d’acquisition de connaissances scientifiques, a identifié, en fonction de leur importance écologique à la lumière des meilleures connaissances disponibles, des grands secteurs d’intérêt écologique pour les récifs et des grands secteurs d’intérêt écologique pour le grand dauphin, le marsouin commun et les oiseaux marins, au-delà des eaux territoriales, dans les régions biogéographiques marines Atlantique et Méditerranée.

Vous trouverez à l’annexe B (points 1 et 2) les références bibliographiques relatives aux rapports scientifiques du MNHN ainsi que des informations cartographiques et descriptives sur les grands secteurs retenus au titre de la présente instruction.

Il vous appartient à présent de délimiter :
- pour chacun des grands secteurs « récifs » au moins un site Natura 2000, en tant que proposition de site d’intérêt communautaire au titre de la directive « Habitats, faune, flore » ;
- pour chacun des grands secteurs « oiseaux / mammifères marins », au moins un site Natura 2000, en tant que proposition de zone de protection spéciale au titre de la directive « Oiseaux » et un site Natura 2000 en tant que proposition de site d’intérêt communautaire au titre de la directive « Habitats, faune, flore ».

Vous pourrez regrouper ces propositions de sites, en tenant compte des enjeux de conservation des grands secteurs concernés, tout en respectant la distinction entre zone de protection spéciale au titre de la directive « Oiseaux » et proposition de site d’intérêt communautaire au titre de la directive « Habitats, faune, flore », de manière à limiter la production de formulaires standards de données et le rapportage ultérieur.

Vous pourrez aussi, le cas échéant, lorsque des grands secteurs d’intérêt pour les récifs d’une part, pour les oiseaux et mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun) d’autre part, se superposent, délimiter des sites couvrant des zones identiques, de façon à optimiser la gestion future de ces sites. Il est rappelé que les enjeux de conservation seront identifiés à l’échelle du site dans son ensemble, rendant préférable une approche distinguant des sites plus spécialement dédiés aux « récifs » d’une part et ceux consacrés aux « mammifères marins » (grand dauphin et marsouin commun) d’autre part.

Vous pourrez également identifier des sites en dehors de ces grands secteurs, ou bien dépassant de leurs limites. Vous vous attacherez à identifier l’espace biologiquement nécessaire à la conservation des récifs concernés en favorisant la représentativité des différentes unités écologiques fonctionnelles décrites pour ceux-ci. Vous vous attacherez de même à définir pour les populations d’espèces concernées des unités écologiques cohérentes et fonctionnelles.

Vous mènerez ces travaux en concertation et bénéficierez d’un soutien en expertise du MNHN et de l’Agence des aires marines protégées de manière à bien apprécier les exigences scientifiques fixées par les directives « Habitats, faune, flore » et « Oiseaux ».

La délimitation des propositions de sites Natura 2000 devant être fondée sur des critères et motivations scientifiques, les activités humaines pourront être prises en compte dans la délimitation des propositions de sites Natura 2000 dès lors qu’elles ne remettent pas en cause la représentativité, la suffisance et la cohérence du réseau de sites Natura 2000 au niveau national. Par ailleurs, elles seront prises en compte dans la gestion des sites Natura 2000, lors de la définition des mesures de conservation des habitats et espèces, dans le cadre des documents d’objectifs.

Vous trouverez à l’annexe B, point 3, des recommandations en vue du passage des grands secteurs aux propositions de sites Natura 2000.

B. Consultation réglementaire et information sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

Il est essentiel que cette ultime phase dans la constitution du réseau de sites Natura 2000 en mer soit soigneusement expliquée. Vous vous attacherez aussi à dégager un consensus sur vos propositions. C’est le gage de la réussite de cette politique et de son appropriation par les acteurs concernés.

En application de l’article R. 414-3 point II du code de l’environnement, vous devrez recueillir l’accord du commandant de zone maritime sur les périmètres proposés pour les propositions de sites Natura 2000.

De plus, afin d’assurer une bonne information sur ces propositions de sites Natura 2000, et d’obtenir la meilleure adhésion des acteurs locaux, vous pourrez procéder à votre initiative à des associations supplémentaires.

Vous trouverez en annexe C des précisions sur les types de consultation réglementaire et d’information à mener, et sur la composition des dossiers de consultation réglementaire et d’information relatifs aux propositions de sites Natura 2000.

C. Transmission des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale au MEEM et au MINDEF, et des informations géographiques, techniques et scientifiques correspondantes au MNHN

Afin de respecter les engagements pris par la France auprès de la Commission européenne et en vue des séminaires biogéographiques qui seront organisés prochainement par la Commission européenne pour réévaluer la suffisance du réseau de sites Natura 2000 en mer, vos propositions de sites Natura 2000 devront être transmises le plus tôt possible au niveau national, et impérativement 6 mois après la date de signature de la présente instruction.

Nous vous demandons de bien vouloir nous tenir informés régulièrement de l’état d’avancement du processus, notamment en me communiquant les propositions de sites Natura 2000 identifiées avant de lancer les phases de consultation réglementaire et d’information sur les propositions de sites Natura 2000, et de me faire part des difficultés que vous rencontreriez.

Vous trouverez en annexe D des précisions sur les modalités de transmission des propositions de sites Natura 2000 et sur la composition des dossiers de transmission de ces propositions au directeur de l’eau et de la biodiversité du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer (MEEM), au directeur de la mémoire, du patrimoine et des archives du ministère de la défense (MINDEF) et au directeur du service du patrimoine naturel du MNHN.

Le ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer transmettra ensuite ces propositions de sites Natura 2000 pour information aux autres Etats-membres concernés, ainsi qu’aux comités consultatifs régionaux (CCR) des pêches concernés. Il consultera, sur ces propositions, le MNHN, afin d’évaluer la suffisance globale du réseau des sites Natura 2000 ainsi complété pour les récifs, les oiseaux et les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun), à l’échelle de chacune des régions biogéographiques Méditerranée et Atlantique. Une consultation interministérielle sera ensuite organisée, afin de définir les propositions de sites Natura 2000 qui seront adressées à la Commission européenne, au second semestre 2016. Nous vous tiendrons informés de l’avancée de ces différentes étapes.

La présente instruction du Gouvernement sera publiée au Bulletin officiel du ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer.

Le 15 juillet 2016.

La ministre de l’environnement, de l’énergie et de la mer, chargée des relations internationales sur le climat,
Ségolène ROYAL

Le ministre de la défense,
Jean-Yves LE DRIAN

La secrétaire d’Etat chargée de la biodiversité,
Barbara POMPILI

Annexe A : Rôles des préfectures maritimes, des différents services de l’Etat et des établissements publics dans le processus de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

1. Processus de délimitation des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale, sous le pilotage des préfets maritimes :

Conformément aux dispositions des articles L. 414-1 et R.414-3 à R. 414-7 du code de l’environnement, pour les propositions de sites Natura 2000 situés entièrement au-delà de la laisse de basse mer, il appartient au préfet maritime :
- d’élaborer les propositions de sites Natura 2000, notamment les périmètres de ceux-ci et les motivations scientifiques qui s’y rapportent ;
- de recueillir l’accord du commandant de zone maritime sur les propositions de sites Natura 2000 ;
- de transmettre aux ministres chargés de l’environnement et de la défense, les propositions de sites Natura 2000, accompagnés des avis recueillis ;
- de transmettre au MNHN les dossiers électroniques associés aux propositions de sites Natura 2000 ;
- d’indiquer aux ministres chargés de l’environnement et de la défense les raisons pour lesquelles il a pu s’écarter des avis motivés qu’il a recueillis.

Pour mener ces missions, le préfet maritime s’appuie sur la (ou les) direction(s) interrégionale(s) de la mer (DIRM) et la (ou les) direction(s) régionale(s) de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) concernées par la proposition de site Natura 2000, en fonction de leur champ de compétences, et bénéficie de l’appui de l’agence des aires marines protégées (AAMP), en lien avec le MNHN.

Le préfet maritime désigne un service instructeur chargé de préparer, de coordonner et de suivre la procédure jusqu’à la transmission de la proposition de site aux ministères et associe les services concernés et l’AAMP.

Quel que soit le service instructeur (DIRM et/ou DREAL) choisi par le préfet maritime pour mener ces procédures, il est rappelé que :
- la DIRM, sous le pilotage du préfet maritime, assure la coordination des politiques publiques de la mer et du littoral au niveau interrégional, notamment entre le dispositif Natura 2000 et les plans d’actions pour le milieu marin (PAMM), et apporte son expertise sur les activités maritimes (en particulier la pêche professionnelle) présentes au sein des grands secteurs et des propositions de sites. Elle concourt, avec les DREAL, à la gestion et à la protection du littoral et des milieux marins ;
- la DREAL, également sous le pilotage du préfet maritime, élabore et met en oeuvre les politiques de gestion et de protection du littoral et des milieux marins et notamment la politique Natura 2000. Elle participe à ces travaux de délimitation des propositions de sites Natura 2000 au titre de ses attributions et de son expérience en la matière. Elle apporte son expertise et son appui sur les habitats et espèces d’intérêt communautaire, dans le processus de désignation de sites Natura 2000 et dans le cadre de la constitution des dossiers de propositions de sites, en lien avec l’AAMP pour les aspects techniques.

S’agissant de l’AAMP, établissement public de l’État, elle remplit un rôle d’opérateur technique en appui au préfet maritime et services de l’État tant dans la phase de délimitation de sites Natura 2000 (mobilisation des connaissances issues des programmes d’acquisition de données scientifiques préalables à ces travaux et mobilisation de données relatives aux activités en mer notamment) que dans la phase d’association des acteurs. Elle assurera la gestion de ces sites Natura 2000 une fois désignés pour le compte de l’Etat, conformément au code de l’environnement.

La délimitation des propositions de sites Natura 2000 devant être fondée sur des critères et motivations scientifiques, le MNHN pourra, sur demande du préfet maritime ou du directeur de l’eau et de la biodiversité, apporter un appui au début de la démarche, en complément des données disponibles dans les rapports scientifiques et les fiches ci-après.

Dans tous les cas, si le service instructeur choisi par le préfet maritime pour mener ces procédures n’est pas la DREAL, cette dernière doit au moins être associée aux procédures menées et au remplissage de la base des données caractérisant le site (contours et données du FSD). La DREAL dispose en effet des outils permettant la transmission électronique des données des FSD au MNHN qui, après validation interministérielle et sur la base des instructions du ministère en charge de l’environnement, les transmet à la Commission européenne.

Nota : Lorsqu’une proposition de site s’étend sur plusieurs façades maritimes, les préfets maritimes concernés élaborent conjointement la proposition de site. Ils désignent un service instructeur pilote chargé de préparer, de coordonner et de suivre la procédure jusqu’à la transmission de la proposition de site aux ministères et associent les services de l’Etat concernés et l’AAMP.

L’information, la concertation et les consultations réglementaires portent sur l’ensemble du site mais sont organisées au niveau de chaque façade maritime par le préfet maritime, en coordination avec l’autre préfet maritime concerné, avec l’appui du service instructeur pilote.

2. Procédure de désignation des sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale par le ministre chargé de l’environnement et le ministre de la défense :

Conformément aux dispositions des articles L. 414-1 et R. 414-3 à R. 414-7 du code de l’environnement, le préfet maritime transmet les propositions de désignation des sites Natura 2000 au large au ministre chargé de l’environnement. Il les transmet également au ministre de la défense.

La procédure qui s’ensuit diffère selon qu’il s’agit d’une proposition de zone spéciale de conservation (ZSC, au titre de la directive « Habitats, faune, flore ») pour les récifs et/ou les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun) ou d’une proposition de zone de protection spéciale (ZPS, au titre de la directive « Oiseaux ») pour les oiseaux marins.

Au titre de la directive « Habitats, faune, flore », en application des articles R. 414-4 et R. 414-6 du code de l’environnement, le ministre chargé de l’environnement et le ministre de la défense établissent une proposition de site d’importance communautaire (pSIC) qui est transmise à la Commission européenne. Lorsque le site proposé est inscrit par la Commission européenne sur la liste des sites d’importance communautaire (SIC), le ministre en charge de l’environnement et le ministre de la défense prennent un arrêté pour le désigner comme ZSC et par là même comme site Natura 2000.

Au titre de la directive « Oiseaux », en application des articles R. 414-5 et R. 414-6 du code de l’environnement, le ministre chargé de l’environnement et le ministre de la défense prennent un arrêté désignant la zone comme ZPS et par là même comme site Natura 2000. Ils notifient leur décision à la Commission européenne.

L’article R. 414-7 du code de l’environnement précise le contenu des arrêtés de désignation des sites Natura 2000 : la carte du site, sa dénomination, sa délimitation ainsi que l’identification des habitats et des espèces qui justifient la désignation du site.

Les arrêtés sont publiés au Journal officiel. L’ensemble de ces documents est tenu à la disposition du public dans les services du ministère en charge l’environnement et sur les sites Internet de la/les préfecture(s) maritime(s) concernée(s).

Annexe B : Lignes directrices en vue de la délimitation des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

1. Références bibliographiques relatives aux rapports scientifiques du MNHN

> Rapport final sur les récifs
Aish A. & Lepareur F., 2014. Critères et principes directeurs pour l’extension du réseau Natura 2000 au-delà de la mer territoriale pour les récifs (1170). Rapport SPN 2014-14, Muséum national d'Histoire naturelle/Service du Patrimoine Naturel, 33 pages.

> Rapport final sur les récifs en Méditerranée
Méthodologie et recommandations pour l’extension du réseau Natura 2000 au-delà de la mer territoriale pour l’habitat « récifs » (1170) : Région biogéographique marine Méditerranée. Rapport SPN 2014.

> Rapport final sur les récifs en Atlantique
Méthodologie et recommandations pour l’extension du réseau Natura 2000 au-delà de la mer territoriale pour l’habitat « récifs » (1170) : Région biogéographique marine Atlantique. Rapport SPN 2014.

> Rapport final sur les oiseaux et mammifères marins
Extension du réseau Natura 2000 au-delà de la mer territoriale pour les oiseaux et mammifères marins. Rapport SPN 2014-30 Muséum national d'Histoire naturelle/Service du Patrimoine Naturel, 53 pages et annexes.

Ces rapports sont disponibles à l’adresse suivante : http://www.developpement-durable.gouv.fr/La-designation-des-sites-Natur…

2. Présentation des grands secteurs d’intérêt écologique au niveau desquels il convient de délimiter des propositions de sites Natura 2000

Sur la base des travaux du MNHN, il est retenu, au titre de la présente instruction, 20 grands secteurs d’intérêt écologique pour compléter le réseau Natura 2000 au-delà des eaux territoriales (Fiche 1 : Liste des grands secteurs d’intérêt écologique au niveau desquels il convient de délimiter des propositions de sites Natura 2000) :
- 12 grands secteurs pour les récifs (7 en Atlantique et 5 en Méditerranée) ;
- 8 grands secteurs pour les oiseaux et pour les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun) (6 en Atlantique et 2 en Méditerranée).

3. Passage des grands secteurs aux propositions de sites Natura 2000

> Critères de sélection des propositions de sites Natura 2000

La délimitation des propositions de sites Natura 2000 doit être fondée sur des critères et motivations scientifiques. Les exigences économiques et sociales pourront être prises en compte dans la délimitation des propositions de sites Natura 2000 dès lors qu’elles ne remettent pas en cause la représentativité des habitats au sein du réseau de sites Natura 2000 pour chaque région biogéographique marine concernée et que des risques d’impacts socio-économiques sont démontrés. Ces éléments seront ensuite vérifiés dans le cadre d’une évaluation de la suffisance globale du réseau de sites Natura 2000 en mer réalisée par région biogéographique par le MNHN.

Par ailleurs, les exigences économiques et sociales seront prises en compte dans la gestion des sites Natura 2000, lors de la définition des mesures de conservation des habitats et espèces, dans le cadre des documents d’objectifs.

> Délimitation des propositions de sites Natura 2000

Les grands secteurs identifiés intègrent les impératifs de représentativité et de cohérence du réseau Natura 2000, pour les trois types d’objets de protection : « récifs », « marsouins communs et grands dauphins », et « oiseaux marins ».

Répartition géographique des propositions de sites Natura 2000 :

Il convient donc de délimiter au moins une proposition de site Natura 2000 au niveau de chacun des grands secteurs, pour garantir la suffisance du réseau : au moins une pour les récifs au niveau de chaque grand secteur « récifs », au moins une pour les oiseaux marins au niveau de chaque grand secteur « oiseaux/mammifères marins », au moins une pour les marsouins et grands dauphins au niveau de chaque grand secteur « oiseaux/mammifères marins ».

Il est recommandé de discuter conjointement les périmètres des propositions sites « récifs » d’une part, et des périmètres de propositions de sites « oiseaux » et « mammifères marins » (grand dauphin et marsouin commun), d’autre part, car les populations de ces espèces sont très liées et doivent se concevoir dans le cadre d’unités écologiques fonctionnelles.

Les propositions de sites identifiées pour les récifs d’une part, et pour les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun) d’autre part, doivent ensuite être fusionnées lorsqu’elles couvrent des espaces identiques, pour tenir compte des contraintes juridiques liées aux arrêtés de désignation.

Taille des propositions de sites Natura 2000 :

Au titre de la présente instruction, il est essentiel de retenir, en tant que proposition de site Natura 2000, pour chacun des grands secteurs, les zones où de forts enjeux écologiques ont été identifiés.

Pour l’habitat « récifs », en Atlantique, les propositions de sites Natura 2000 dans les grands secteurs d’intérêt pour les récifs devront inclure une partie significative des canyons identifiés, dans l’ensemble des entités géo-morphologiques, pour assurer les fonctions écologiques des habitats interdépendants, ainsi qu’une part représentative du plateau continental identifié, pouvant intégrer les interfluves.

Pour la Méditerranée, compte tenu de la rareté des récifs, les propositions de sites Natura 2000 dans les grands secteurs d’intérêt pour les récifs tendront à inclure la totalité des canyons, des affleurements rocheux et des monts sous marins identifiés, dans l’ensemble des entités géomorphologiques, pour assurer les fonctions écologiques des habitats interdépendants, ainsi qu’une part du plateau continental identifié, pouvant intégrer les interfluves (en dehors des grands secteurs « récifs » contenant des zones à enjeux « monts sous marins »).

Il est recommandé de conserver, dans les propositions de sites Natura 2000, une zone tampon autour de la zone à enjeux « récifs », pour tenir compte de la profondeur. Cette zone tampon est fonction de la profondeur de l’eau et de la longueur de chaîne déployée du chalut. Entre 200 à 500 m de profondeur, la zone tampon devrait s’étendre sur une distance équivalente à trois fois la profondeur de l’eau. A des profondeurs supérieures à 500 m, la zone tampon devrait être de deux fois la profondeur (CIEM, 2013). Cette zone tampon sera incluse dans les propositions de sites Natura 2000 pour les récifs. Les grands secteurs d’intérêt pour les récifs identifiés par le MNHN intégrant cette notion de zone tampon autour de la zone à enjeux « récifs », les propositions de sites Natura 2000 ne devraient pas dépasser les limites des grands secteurs d’intérêt pour les récifs, une fois le tampon appliqué autour de la zone à enjeux « récifs ».

Pour les oiseaux et les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun), espèces mobiles, il est en particulier préconisé de retenir, dans les propositions de sites Natura 2000 les zones fonctionnelles pour les espèces (ex : talus, têtes de canyon, front de marées, panache de fleuve côtier) et les zones de plus forte concentration d’individus ou de plus forte biodiversité, identifiées au niveau des grands secteurs d’intérêt pour les oiseaux et les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun).

Dans des cas justifiés d’un point de vue écologique, le périmètre d’une proposition de site Natura 2000 pourra également comprendre des espaces situés en dehors du grand secteur, au vu de l’intégration de récentes données sur les espèces et sur les habitats et de discussions avec les experts et les acteurs de terrain (ex : recommandations issues des ateliers d’experts PACOMM des 3 et 4 novembre 2014 suite à l’intégration des variables environnementales liées à l’habitat d’espèces, voir Fiche 1).

L’appréciation de la suffisance du réseau Natura 2000 ne pourra se faire qu’une fois l’ensemble des propositions de sites Natura 2000 connues au niveau national. Elle se fera à l’échelle des régions biogéographiques en tenant compte des propositions de sites et des sites déjà existants et en différenciant les enjeux liés aux récifs, aux oiseaux marins et aux mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun).

Concernant plus particulièrement la tortue caouanne en Méditerranée, en 2010, lors du séminaire biogéographique, la Commission européenne a considéré le réseau de sites Natura 2000 en mer français comme suffisant pour cette espèce. Aucun grand secteur dédié à la tortue caouanne ne sera donc proposé dans le cadre de cette procédure de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale. Toutefois, la tortue caouanne devra, le cas échéant, être intégrée aux FSD des sites Natura 2000 proposés au titre de la directive « Habitats, faune et flore » dans le cadre de cette procédure de désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale.

> Format des propositions de sites Natura 2000

Il convient de définir des périmètres de propositions de sites Natura 2000 basés sur des lignes bien connues comme la bathymétrie, la limite des eaux territoriales, la limite de la zone économique exclusive, afin de disposer d’une identification simple des sites.

De manière à optimiser la gestion future des sites, il est recommandé d’envisager le regroupement, dans une seule proposition de site, de plusieurs zones séparées géographiquement mais présentant les mêmes enjeux de conservation.

4. Conséquence de la désignation de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale en termes de gouvernance et de gestion

En vertu de l’article L.414-2 du code de l’environnement, lorsqu’un site Natura 2000 désigné comprend majoritairement des espaces marins, l’autorité administrative établit le document d’objectifs (DOCOB) et suit sa mise en oeuvre en associant le comité de pilotage (COPIL) Natura 2000.

Afin de tenir compte des spécificités des futurs sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale, les COPIL ainsi que les DOCOB pourront être communs à plusieurs sites, si les enjeux de gestion sont similaires. L’AAMP assurera la gestion de ces sites Natura 2000 une fois désignés pour le compte du préfet maritime.

Concernant la prise en compte des activités de pêche maritime professionnelle :

Les activités de pêche maritime professionnelle seront prises en compte dans le cadre de l’élaboration des DOCOB des futurs sites Natura 2000, conformément à la circulaire du 30 avril 2013. Une analyse de risque de dégradation des habitats et des espèces d’intérêt communautaire par les engins de pêche maritime professionnelle sur chaque site Natura 2000 sera réalisée par l’opérateur du site Natura 2000 en partenariat avec les professionnels de la pêche. Cette analyse de risque permettra d’identifier si des activités de pêche maritime professionnelle travaillant sur un site Natura 2000 présentent un risque d’impact sur l’état de conservation des habitats et des espèces justifiant la désignation du site Natura 2000 et le cas échéant si des mesures de conservation sont nécessaires pour atteindre les objectifs du site. Le déploiement de la méthode d’analyse des risques de dégradation des habitats et espèces Natura 2000 par les engins de pêche maritime pourra être adaptée, en fonction des connaissances disponibles, le cas échéant, aux caractéristiques des sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale.

S’agissant des mesures de conservation elles-mêmes, en cas de risque d’impact significatif identifié sur un ou plusieurs sites Natura 2000, des mesures réglementaires d’encadrement des activités de pêche maritime professionnelle seront proposées, pour assurer que ces activités ne portent pas atteinte aux objectifs de conservation des sites concernés.

En particulier pour les récifs, au vu de la connaissance actuelle, des mesures de conservation réglementaires seront proposées en cas d’impact significatif. Ces propositions de mesures de conservation réglementaires seront adoptées conformément au règlement n°1380/2013 relatif à la Politique commune de la pêche (PCP) adopté le 11 décembre 2013 par le Parlement européen et le Conseil. Selon ce règlement, si d’autres États-membres ont un intérêt direct dans la gestion de l’activité de pêche (i.e. soit des possibilités de pêche, soit une activité de pêche) qui sera concernée par les mesures réglementaires proposées dans les futurs sites Natura 2000, un processus de concertation sera engagé entre les États-membres, afin d’aboutir à une proposition commune de mesures soumises à la Commission européenne. Ces mesures réglementaires seront ensuite adoptées par la Commission européenne par voie d’actes délégués, après consultation des conseils consultatifs régionaux (CCR) des pêches compétents. Cette procédure sera garante d’une équité de traitement entre les différents professionnels des États-membres sur ces zones.

Concernant les oiseaux et les mammifères marins (grand dauphin et marsouin commun), au vu de la connaissance existante sur les impacts liés aux captures accidentelles, il n’est pas envisagé à court terme de définir des mesures de conservation réglementaires (limitation d’activités) visant à garantir l’absence d’impact significatif sur ces espèces. Des incitations à l’amélioration des engins de pêche pourraient être privilégiées dans un premier temps pour limiter les captures accidentelles pour ces espèces. De plus, compte tenu de la taille des futurs sites, il conviendrait de mettre en oeuvre des mesures différenciées selon les zones, les enjeux et les objets de cette gestion.

Concernant la prise en compte des projets d’énergies marines renouvelables :

Le décret n° 2013-611 du 10 juillet 2013 relatif à la réglementation applicable aux îles artificielles, aux installations, aux ouvrages et à leurs installations connexes sur le plateau continental et dans la zone économique exclusive ainsi qu’au tracé des câbles et pipelines sousmarins définit la procédure applicable aux demandes d’autorisation pour la construction et l’exploitation d’ouvrages dans la zone économique exclusive. Dans ce cadre, une étude d’impact, intégrant une évaluation des incidences Natura 2000, sera établie dans les conditions prévues par les articles L. 122-1 et suivants du code de l’environnement.

Concernant la prise en compte des activités de transports maritimes :

Les activités de transports maritimes seront prises en compte dans le cadre de l’élaboration des DOCOB des futurs sites Natura 2000. Si des risques d’impact sur les habitats et espèces d’intérêt communautaire devaient être démontrés, les États membres concernés pourraient alors demander à l’Organisation Maritime Internationale d’envisager la désignation d’une zone maritime particulièrement vulnérable (ZMPV) comprenant le site (ou groupe de sites) Natura 2000 concerné. Au moment de la désignation d’une ZMPV, des mesures de conservation associées pourraient être adoptées par l'OMI pour prévenir, réduire ou éliminer la menace ou la vulnérabilité.

Concernant la prise en compte des activités de défense et de sécurité nationales :

Les activités de défense et de sécurité nationale seront prises en compte dans le cadre de l’élaboration des DOCOB des futurs sites Natura 2000. Si des risques d’impact sur les habitats et espèces d’intérêt communautaire devaient être démontrés, des propositions de mesures visant à limiter ces impacts pourraient être proposées, conformément au code de l’environnement, dans le respect des conditions opérationnelles des forces armées et en s’appuyant sur le référentiel technique relatif aux activités de la Défense nationale (AAMP, 2014).

Fiche 1 : Liste des grands secteurs d’intérêt écologique au niveau desquels il convient de délimiter des propositions de sites Natura 2000 au titre de la présente instruction

Fiche à consulter en PDF

Annexe C : Procédures de consultation réglementaire et d’information sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

1.Types de consultation réglementaire et d’information à conduire sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale :

En application de l’article R. 414-3 point II du code de l’environnement, le préfet maritime recueille l’accord du commandant de zone maritime sur les périmètres proposés pour les propositions de sites Natura 2000 (Fiche 2 : Formulaire de consultation réglementaire du commandant de zone maritime dans le cadre de la procédure de désignation de sites Natura 2000).

De plus, bien que cela ne soit pas prévu réglementairement, afin d’assurer une bonne information sur ces propositions de sites Natura 2000, et d’obtenir la meilleure adhésion des acteurs locaux, il est recommandé d’informer :
- les conseils scientifiques régionaux du patrimoine naturel (CSRPN) concernés,
- les commissions administratives de façades (CAF), les conseils maritimes de façades (CMF) et la conférence régionale de la mer et du littoral de Bretagne (CRML),
- les départements et les régions littoraux concernés,
- le cas échéant les communes et établissements publics de coopération intercommunale littoraux concernés (c’est-à-dire ceux qui hébergent un grand port maritime et/ou un port de pêche concerné par ces propositions de sites Natura 2000),
- les conseils de gestion des parcs naturels marins (PNM) concernés et les conseils d’administration des parcs nationaux (PN) concernés,
- les comités des pêches régionaux concernés (CRPMEM),
- tout autre acteur concerné par la démarche d’extension du réseau Natura 2000 au-delà de la mer territoriale.

En application de l’article L. 120-1 du code de l’environnement, le ministère en charge de l’environnement réalisera les consultations du public au titre de la charte de l’environnement sur les propositions d’arrêtés de désignation des ZSC et ZPS. Le préfet maritime n’a donc pas à organiser ce type de consultation.

Le MEEM, en lien avec le MAEDI et avec l’appui de l’AAMP, réalisera également l’information des Etats-membres concernés et des Conseils consultatifs régionaux des pêches concernés mis en place dans le cadre de la Politique commune de la pêche sur les propositions de sites Natura 2000 transmises par les préfets maritimes.

2. Contenu du dossier de consultation réglementaire sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale :

Le dossier de consultation réglementaire sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale comprend les pièces suivantes :

- une carte du périmètre du site proposé avec sa dénomination, son code de référence et l’intitulé « Périmètre de consultation réglementaire ». Ce périmètre doit être d’emblée clairement identifiable sur un fond cartographique lisible avec une légende permettant une bonne lecture des repères figurant sur la carte. Il doit coïncider, dans la mesure du possible, avec des repères précis et simples en mer (coordonnées WGS 84 ou GPS, isobathes avec le numéro de la carte martine et sa date d’édition...). Les cartes marines officielles produites par le service hydrographique et océanographique de la marine (SHOM) sont utilisées. L’échelle du fond cartographique est laissée à l’appréciation du service instructeur. Toutefois, elle sera dans tous les cas à l’échelle la plus précise possible permettant une bonne lisibilité du contour du site. Le format utilisé pour l’impression doit se limiter au A4 ou A3. En outre, si la carte ne permet pas de localiser le site par rapport à des repères connus (îles, côte), il peut être utile d’ajouter au dossier un plan de situation à une échelle plus petite. Le périmètre du site envisagé doit apparaître sans ambiguïté sous forme d’un trait lisible, complété, le cas échéant, par une couleur ou une trame indiquant le site, sans masquer le fond de carte ;

- des éléments d’information et de présentation du site, établis sur la base des rapports du MNHN, comportant notamment :
        * des précisions sur les insuffisances identifiées par les experts dans le réseau actuel qui justifient de compléter ce réseau par le site proposé ;
        * la liste des noms vernaculaires et scientifiques des espèces d’oiseaux (pour les propositions de zone de protection spéciale), des habitats et espèces animales (pour les propositions de sites d’importance communautaire), qui motivent la proposition, et leur intérêt dans le contexte du site et du réseau (si le périmètre du site mis en consultation est celui du site désigné ou proposé à la Commission européenne, la liste des espèces et habitats justifiant le site et figurant dans le formulaire standard de données transmis à la Commission européenne doit rester la même).
        * la superficie du site proposé (par calcul SIG, dans la projection de référence : Lambert 93) ;
        * des éléments d’information générale sur les conséquences d’une proposition de site et sur la gestion concertée des sites (comités de pilotage, documents d’objectifs, orientations de gestion...).

3. Contenu du dossier d’information sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

Le dossier d’information sur les propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale pourra être constitué des mêmes pièces que pour le dossier de consultation réglementaire listées ci-dessus.

Fiche 2 : Formulaire de consultation réglementaire du commandant de zone maritime dans le cadre de la procédure de désignation de sites Natura 2000

Fiche à consulter en PDF

Annexe D : Procédure de transmission des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale au MEEM, au MINDEF et au MNHN

1. Procédure de transmission des propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

A l’issue de l’accord du commandant de zone maritime, le dossier de proposition de site Natura 2000 au-delà de la mer territoriale doit faire l’objet :
- d’une transmission par courrier signé par le (ou les) préfet(s) maritime(s) concerné(s) au ministère chargé de l’environnement,
- d’une transmission par courrier signé par le (ou les) préfet(s) maritime(s) concerné(s) au ministère de la défense,
- d’une transmission de dossiers électroniques à ces ministères (de préférence sous forme de CDROM) et au MNHN par le service instructeur.

Dans le cas d’une proposition de site Natura 2000 située sur deux façades maritimes, un dossier unique sera transmis, accompagné soit d’une lettre cosignée par les préfets maritimes, soit d’une lettre particulière signée par chacun d’eux.

2. Composition du « dossier papier » de transmission de la proposition de site Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

Afin de fournir au ministre en charge de l’environnement et au ministre de la défense les éléments d’appréciation nécessaires à leur décision, le préfet maritime fournit, à l’appui de chacune de ses propositions de sites Natura 2000 au-delà de la mer territoriale :

> Le formulaire standard de données (FSD) complété par la DREAL désignée avec l’appui de l’AAMP à l’aide des instructions dans la fiche 3. Le code de référence sera attribué automatiquement par l’outil de saisie national, lors de la création d’un nouveau site.

> Les cartes du périmètre de proposition de site (format papier et ficher pdf) avec un intitulé « Proposition de site d’importance communautaire » ou « Proposition de zone de protection spéciale » selon le statut sont à fournir à l’administration centrale, en vue des consultations interministérielles (voir les prescriptions communes dans la fiche 4 ci-après).

> Une fiche de synthèse signée par le préfet maritime (voir le modèle dans la fiche 4 ciaprès)

- Cette fiche doit être conforme à l’exemplaire figurant dans la fiche 5 de la présente instruction. Elle sera utilisée pour les consultations interministérielles et le cas échéant dans le cadre de procédures contentieuses concernant la désignation du site, en particulier pour justifier la motivation par le préfet maritime de sa proposition de site.

- Les informations portées sur la fiche de synthèse et sur le formulaire standard des données doivent être cohérentes entre elles et être rigoureusement identiques entre les deux documents. Cette fiche comporte des éléments d’identification du site, son historique, ses justifications scientifiques (citer les références des inventaires ou des études à l’origine des données figurant dans le FSD), sa vulnérabilité éventuelle et la présentation des actions d’information et de concertation conduites. Elle contient la motivation de la proposition de site, au regard de l’avis du commandant de zone maritime, sur la base des critères scientifiques qui doivent justifier cette proposition, conformément aux dispositions des directives « Habitats, faune, flore » et « Oiseaux ».

> Le formulaire signé par le commandant de zone maritime concerné, attestant de son accord sur la proposition de site Natura 2000 (voir le modèle dans la fiche 5 ci-après).

> Un exemplaire du dossier soumis à la consultation réglementaire.

Le dossier papier des pièces demandées est à envoyer aux adresses suivantes :

Ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer
DGALN/DEB/SDEN/EN3
Bureau du réseau Natura 2000
Tour Séquoia
92055 La Défense cedex

Ministère de la Défense
SGA/DMPA/SDIE
60 boulevard du général Martial VALIN
CS 21623
75 509 PARIS cedex 15

3. Composition du dossier électronique de transmission de la proposition de site Natura 2000 au-delà de la mer territoriale

Outre le dossier papier, certaines pièces du dossier doivent faire l’objet d’une transmission sous forme électronique :

> Fichiers à transmettre au ministère de l’environnement, de l’énergie et de la mer et au ministère de la défense, de préférence sous forme de CDROM avec le dossier papier ou par courriel (respectivement, en3.en.deb.dgaln@developpement-durable.gouv.fr / monique.moret-bessieres@developpement-durable.gouv.fr et dmpa-sdie.environnement.fct@intradef.gouv.fr ) :
- La (ou les) fiche(s) de synthèse de consultation réglementaire et de motivation de la proposition du site signée(s) par le(s) préfet(s) sous format pdf ;
- La (ou les) carte(s) du site proposé sous format pdf ;
- Le FSD du site sous format pdf (édition régionale issue de l’outil de saisie en ligne Natura 2000).

> Fichiers à transmettre au MNHN :
- L’ensemble des informations du FSD sont à renseigner via l’application de saisie en ligne Natura 2000 (natura2000.mnhn.fr). Une fois la saisie terminée, le FSD est soumis à la validation du MNHN (procédure standard de l’outil).
- Le contour du site proposé, numérisé en lambert 93, sera transmis sous les formats d’échange standard (SHAPE ou MapInfo). Il pourra être transmis par courriel à natura2000@mnhn.fr ou déposé directement via l’outil de saisie dans l’onglet SIG- Photos/ cartographie SIG.

Les cartes de proposition de site et les FSD, sous format papier et électronique, constituent les documents par lesquels les autorités françaises notifient officiellement un site Natura 2000 à la Commission européenne. Toutes les informations portées dans les différents champs du FSD et le tracé du périmètre reporté sur la carte transmise ont donc un caractère officiel qui engage les autorités nationales.

Fiche 3 : Recommandations pour remplir le formulaire standard des données

Fiche à consulter en PDF

Fiche 4 : Prescriptions communes aux cartes des propositions de sites (échelles, cartouches, coordonnées géographiques)

Fiche à consulter en PDF

Fiche 5 : Fiche de synthèse de consultation réglementaire et de motivation de la proposition de site exclusivement située au-delà de la laisse de basse mer

Fiche à consulter en PDF